子宫内膜异位症的治疗应根据患者年龄、症状、病变部位和范围以及对生育的要求等加以选择，达到缩减和去除病灶、减轻和控制疼痛、治疗和促进生育、预防和减少复发的目的。

可通过手术手段切除病灶，也可以通过药物控制病情。

轻度子宫内膜异位症患者首选期待疗法。定期随访，并对症处理病变引起的轻微经期腹痛，可给予前列腺素合成酶抑制剂，如吲哚美辛、萘普生、布洛芬等。

对于备孕的女性则应避免服药，应尽早促使其妊娠，因为怀孕后，异位内膜病灶坏死萎缩，分娩后症状缓解并有望治愈。