巧克力囊肿，是由于子宫内膜异位，异位的子宫内膜受到卵巢分泌性激素的影响仍然会随着月经周期脱落，脱落的内膜无法排出体外，就会继续在卵巢种植，久而久之就会导致潴留在卵巢的经血越来越多，形成囊包。

囊包内的经血由于长期的潴留而呈褐色的糊状，看起来很像巧克力，巧克力囊肿因而得名。这种囊肿会逐渐增大，甚至会在经期或者经后期出现破裂。

但是基本不会恶变。