卵巢囊肿一经发现确诊，首选手术治疗，对于良性的卵巢囊肿多数行卵巢囊肿剥除术，年轻的患者尤其是绝经前患者多采用卵巢囊肿剥除术，而尽可能保留正常的卵巢组织。

输卵管卵巢切除术，对于年龄比较大45岁以上的或者绝经后的患者，可行一侧或者双侧输卵管卵巢切除术，对于恶性的卵巢肿瘤来说多数的患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切的可能切除原发的囊肿以及所能见到的盆腹腔转移灶，可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物的使用。