甲硝唑用于治疗或预防厌氧菌引起的系统或局部感染，如腹腔、消化道、女性生殖系、下呼吸道、皮肤及软组织、骨和关节等部位的厌氧菌感染，对败血症、心内膜炎、脑膜感染及使用抗生素引起的结肠炎也有效。

治疗破伤风常与破伤风抗毒素脸用。还可用于口腔厌氧菌感染。在服用甲硝唑期间，或者是在停药后一周内不可以喝含有酒精的饮料。

部分患者服用以后会出现食欲不振，恶心，呕吐，腹泻等不良反应，少数患者服药期间会出现膀胱炎，排尿困难，四肢麻木，停药以后就会恢复正常。