磁共振应用的范围很广，对颅脑脊髓等疾病是当今最有效的影像诊断方法，可早期发现肿瘤，脑梗塞，脑出血脑脓肿，脑囊虫症，先天性脑血管畸形，还可确定脑积水的种类及原因，磁共振在显示脊髓先天异常，脊髓空洞症及硬化症，瘢痕等均有独到之处。

共振也可用于检查子宫，卵巢，膀胱，及前列腺的肿瘤，并可对癌肿进行分期，对肝脏胰腺等的肿瘤也可清楚地显示出来。