卵巢巧克力囊肿可采用药物或手术治疗，迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。

无论是药物治疗抑或保守性手术，均有相当高的复发率，因此，应根据患者年龄，症状，体征，病变范围以及对生育要求，患者的主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗，主张选对药物，积极治疗，并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，再采取相应的对策。

症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗，有生育要求的轻度患者，明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术，但年轻无生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。

症状及病变均严重，无生育要求的患者可行根治性手术。